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Los métodos han evolucionado con una sofisticación cada vez mayor. Datos de los primeros depósitos de información genética comparativa (1). Sin embargo, queda por discutir la evolución de la popularidad de las nuevas subposiciones (2-5). En este debate, la metodología establece el alcance del muestreo y las sububicaciones estándar.

Anidamiento automatizado a múltiples escalas de proteínas ortogonales para construir matrices de inferencia a partir de subposiciones ancestrales de la secuencia del genoma con o sin proyección en la posición actual. Los genes (684 grupos ortogonales de KOG) compilados por Rogozin et al (6) están compuestos de 8 modelos eucariotas, incluido un vertebrado (humano), dos animales (Drosophila melanogaster y Plasmodium gambiae) y un nematodo agallador (New). Drosophila melanogaster), dos levaduras fúngicas y Schizosaccharomyces pombe), una planta Arabidopsis thaliana (Arabidopsis thaliana) y un protista (Plasmodium). Como resultado, las subposiciones únicas de 16577 se concentran en 7236≈(43%), y la alineación más completa solo puede retenerse mediante la retención. Y salvo el análisis matricial, Douluo es tacaño (6). Posteriormente, otros investigadores fusionaron la matriz de preservación. Roy y Gilbert (7) propusieron el método de máxima verosimilitud local (ml), que corrige los sesgos cognitivos. Al mismo tiempo, se observan directamente los intrones, ya que las ramas circundantes se pierden al no ser detectadas. Sin embargo, cuando se tiene en cuenta el número de este sitio objetivo (es decir, donde se observan los conjugantes) el número de todas las especies identificadas simultáneamente por Mantieri, (8-10) hay menos subsitios ancestrales que antes (7). La razón puede ser los métodos de la fuerza expedicionaria. No se permiten ingresos con la misma forma (como insertar la misma posición correspondiente varias veces) (8, 9, 11), pero también es posible ser un mendigo con la misma forma.