Acerca de la pronunciación japonesa.
El japonés escrito en letras inglesas no se puede leer según el pinyin de nuestro idioma. Pero escribir en un teclado puede lograrlo. Por ejemplo, puedes escribir "是" o "四", pero si tienes que explicarlo en pinyin, debes pronunciarlo.
De hecho, si quieres especializarte en japonés, te sugiero que lo pronuncies de acuerdo con cómo lo pronuncian los demás. Como dijiste, esta situación es completamente un método de aprendizaje que puedes resumir en tus estudios futuros, porque aprender este tipo de cosas varía de persona a persona y cada uno tiene su propio método de aprendizaje.
Espero que esta pequeña idea te pueda ayudar, ¡vamos!