Llovió mucho y descubrieron que se había formado un arroyo en el suelo.

Llovió mucho y encontraron que en el suelo se había formado un arroyo.

Estaba lloviendo mucho

En pasado continuo, significa que está lloviendo. Es un adverbio que modifica lluvia, es decir, llueve mucho.

Llovió mucho y descubrieron que se había formado un riachuelo en el campo.

Descubrieron que se había formado un arroyo en el campo

Son los sujetos de las cláusulas que introducen la cláusula objeto, y son los objetos del descubrimiento en tiempo pasado. y las acciones pasadas deben usarse para expresar acciones pasadas. El tiempo perfecto, en presencia, es una forma adverbial de lugar.

Esta frase es demasiado simple. Si es para alumnos de primaria, puede que requiera un pequeño análisis. Para los estudiantes de más del primer año de secundaria, ¡no es necesario realizar ningún análisis!