¿Cuál es la diferencia entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación?
1. Diferentes definiciones:
La PCR es un método de síntesis enzimática de fragmentos específicos de ADN in vitro, que consiste en una desnaturalización a alta temperatura, un recocido (renaturalización) a baja temperatura y una adecuada reacciones de extensión de temperatura.Se lleva a cabo un ciclo para amplificar rápidamente el ADN objetivo, que tiene las características de fuerte especificidad, alta sensibilidad, fácil operación y ahorro de tiempo.
Los cebadores de secuenciación se dividen en cebadores autónomos y cebadores universales. Los cebadores autónomos son cebadores de amplificación por PCR diseñados por el cliente o cebadores diseñados en el vector y el fragmento diana para la secuenciación.
2. Diferentes funciones:
La empresa generalmente proporciona los cebadores universales al comprar el vector, y los cebadores de secuenciación generales como T7, SP6, M13 y otras empresas de secuenciación son gratuitos. usar.
No solo se puede utilizar para investigaciones básicas como aislamiento de genes, clonación y análisis de secuencias de ácidos nucleicos, sino que también se puede utilizar para diagnóstico de enfermedades o en cualquier lugar donde estén presentes ADN y ARN. La PCR también se denomina clonación molecular libre de células o tecnología de amplificación enzimática dirigida por cebador in vitro de secuencias de ADN específicas.
3. Diferentes aplicaciones:
Los cebadores de PCR también se denominan cebadores oligonucleotídicos, que son ARN que se sintetizan artificialmente y se dividen en dos tipos, cebador 1 y cebador 2. Dado que la ADN polimerasa sólo puede replicarse desde el extremo 5' al extremo 3' de la cadena de nucleótidos, sólo puede reconocer el extremo 3' de la cola.
La secuenciación debe utilizar cebadores específicos y no pueden ser cebadores aleatorios, fusionados, impuros, etiquetados con fluorescencia o demasiado largos. Generalmente se requiere que la longitud de los cebadores de secuenciación sea de 18 a 25 BP, y el más largo no debe exceder. 30BP..PCR Los requisitos de cebadores son relativamente bajos. En pocas palabras, los cebadores de PCR se pueden utilizar para la amplificación, pero no necesariamente son adecuados para la secuenciación.
Información ampliada:
El propósito del diseño de cebadores de PCR es encontrar un par de fragmentos de nucleótidos adecuados que puedan amplificar eficazmente la secuencia de ADN molde. Como se mencionó anteriormente, la calidad de los cebadores está directamente relacionada con la especificidad y el éxito de la PCR. Es imposible tener una regla integral para el diseño de cebadores que garantice el éxito de la PCR, pero seguir ciertos principios ayudará en el diseño de cebadores.
La secuencia del cebador no debe tener una gran similitud dentro del molde, especialmente la secuencia con alta similitud en el extremo 3', de lo contrario conducirá fácilmente a un cebado falso. Una forma de reducir la similitud entre cebadores y plantillas es hacer que la distribución de las cuatro bases en el cebador sea aleatoria, sin la presencia de polipurinas o polipirimidinas. En particular, el extremo 3' no debe tener más de 3 G o C consecutivos, porque esto provocará que el cebador cebe mal en la región de secuencia rica en GC.
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