Sim zhenti

1. Encuentre una proteína con una estructura tridimensional conocida en la base de datos PDB y consulte su secuencia de proteína, secuencia de ARNm (solo ORF/CDS) y secuencia del genoma (10 puntos);

2. base de datos de proteínas Encuentre más de 15 secuencias de proteínas que sean altamente homólogas a genes homólogos o BlastP, descárguelas y guárdelas como archivos FASTA (10 puntos);

3. el codón de inicio Intercepta el marco de lectura abierto (ORF/CDS) hasta el codón de parada, descarga la secuencia y guárdala como un archivo FASTA (10 puntos).

4. , usando SIM4 y GENESCAN respectivamente. Encuentre exones e intrones (10 puntos);

5. Utilice ClustalW, MUSCLE, MAFFT, T-coffee, PRANK, CAUSA y otros programas para secuenciar los genes homólogos anteriores (10. puntos)

6. Utilice el método NJ y el método ML para analizar sistemáticamente los genes homólogos anteriores utilizando MEGA, PHLIP u otro software, dibujar un árbol filogenético de moléculas genéticas y comparar varios métodos de comparación y dibujos de algoritmos. Las similitudes y diferencias del árbol filogenético, analizar si el árbol filogenético es consistente con el árbol filogenético de la especie y explicar las razones (10 puntos);

7. el intervalo conservador (10 puntos) Cebadores de PCR degenerados;

8. Analizar la proteína codificada por el gen en el sitio web de análisis de proteínas (ExPaSy, PDB, Swiss Model, etc.). ), y predecir las estructuras primarias, secundarias y terciarias (10 puntos);

9. Analizar la función específica y la expresión del gen en DDD y GEO (proporcionar el catálogo de literatura recuperado y el resumen, etc. Evidencia (10 puntos).

10. Encontrar el microARN que puede regular la expresión del gen y predecir su diana y función (10 puntos).