Análisis de diversidad genética basado en SSR
Mi entendimiento personal es que ssr primer 1 amplifica dos bandas de ab (diploide), y las longitudes de ab pueden ser iguales o diferentes. Si la longitud de la banda A es la misma en toda la muestra de ADN, no es una banda polimórfica. Si hay diferencia, ¿pertenece a la zona polimórfica? Aprendamos sobre esto lentamente. Simplemente comprender este problema lleva mucho tiempo. Las bandas polimórficas deben clasificarse como marcadores dominantes. Según la literatura, SSR también tiene el concepto de fragmentos polimórficos.
El siguiente es el proceso de detección de ISSR. Los cebadores ISSR no se dividen en F y R. Todos los cebadores son F y R. Los cebadores ISSR pueden unirse a ambas cadenas de ADN. Dos fragmentos de una secuencia deben tener unidades repetidas opuestas y complementarias para que un único cebador pueda amplificar el fragmento. De esta manera, esta secuencia entre unidades de repetición invertidas y complementarias debería mostrar la menor diferencia posible entre muestras. Por lo tanto, ISSR es dominante. Un solo cebador ISSR solo puede amplificar una banda en la muestra (situación teórica), pero no una banda, siempre que existan las condiciones anteriores, se puede amplificar.
La referencia es
Schulke, Marcus. "Un método económico para marcar con fluorescencia fragmentos de PCR". Nature Biotechnology 18.2 (2000): 233-234.
El principio de PCR no está muy claro. Puede entenderlo haciendo un dibujo: el rojo es la secuencia M13, el azul es el cebador F R, el área sombreada en naranja indica el recocido del cebador y la secuencia, QQQQ es la secuencia objetivo y NNNN es la secuencia no objetivo.
¿F acercándose a 0 significa que la hibridación aleatoria en el sitio inferior cumple con el equilibrio de Harvin? Un gran número de valores positivos indican endogamia.
Población ideal
Los cebadores SSR por lotes se pueden obtener a partir de datos del transcriptoma o del genoma, o se pueden seleccionar cebadores de artículos anteriores para su selección. El diseño de Primer utiliza oligo7 o Primer. Oligo es gratuito, la imprimación requiere una tarifa.
Los cebadores de detección se pueden detectar mediante agarosa, poliacrilamida y electroforesis capilar y, finalmente, se seleccionan los cebadores con fuerte especificidad para la amplificación del genoma.
Los datos del año 20200901 están todos completos.
Este experimento utiliza electroforesis capilar de fluorescencia. El uso de software es el contenido experimental. Las instrucciones específicas para usar el software se pueden encontrar en las instrucciones del software de la colección. De hecho, el manual ha sido escrito con gran detalle.
El resultado final de los datos es el siguiente y se obtendrá la longitud específica del segmento de línea.
* * *No hay datos disponibles para 24 ubicaciones.
Los parámetros de diversidad genética se analizaron usando GenAlex, pero no entendí muy bien el significado de estos parámetros. Me preocupaba que se perdieran datos durante el proceso de cálculo, así que lo ejecuté dos veces para ver si. los resultados fueron los mismos.
Se compararon las diferencias en el índice de diversidad genética de diferentes procedencias en diferentes regiones. Actualmente la clasificación más baja es a nivel provincial.
¿La baja heterocigosidad está relacionada con la autopolinización?
GenAlex no puede calcular el PIC, por lo que se utiliza Powermarker.
Powermarker calcula la distancia genética y utiliza el método UPGMA o NJ para obtener resultados.
Darwin también tiene artículos que utilizan este software. ¿Muchos artículos utilizan Darwin? Powermarker es relativamente simple.
Obtenga el archivo del árbol y embellezcalo con itol. Cuente la población de cada subgrupo.
GenAlEx proporciona esta funcionalidad.
El componente de varianza de la población, es decir, la diferenciación genética de la población.
Este tipo de análisis se puede llevar a cabo mediante clasificación de grupos por región, agrupamiento y estructura, y se pueden comparar las diferencias genéticas y las diferencias de variación internas y externas de grupos bajo diferentes clasificaciones.
(1) El análisis AMOVA en ge nalex requiere que se determinen los siguientes parámetros.
Algunas poblaciones entre conglomerados y estructuras se representan mediante diagramas de Venn * * * con muestras.
GenAlEx está disponible.
Los individuos de cada población se clasifican como puros o admitidos en función de puntuaciones de probabilidad y se dividen en un subgrupo separado.
Según la población dividida por primera vez, los subsubgrupos se pueden dividir aún más.
(1) Utilice el recopilador de estructuras para obtener el mejor K
(2) Repita el muestreo para obtener los resultados de múltiples ejecuciones.
(3) Vista explosionada