Directorio de procesamiento y análisis de datos de chips genéticos
Sección 1 Tecnología de biología molecular y genes y genomas
Introducción a la historia del desarrollo científico 1
Sección 2 Introducción a la tecnología de chips genéticos 3
1. Conceptos básicos de los chips genéticos 4
2. El surgimiento y desarrollo de la tecnología de chips genéticos 4
3. Campos de aplicación de los chips genéticos 6
Sección 3 Bioinformática y datos de chips genéticos
Minería 7
1. El auge de la bioinformática 7
2. Minería de datos de chips genéticos 8
Referencia 9
Capítulo 2 Tecnología experimental de chips genéticos de microarrays 11
Sección 1 Valor genético y clasificación de chips genéticos 11
1. Valor de los chips genéticos 11
2. Clasificación de los chips genéticos 12
Sección 2 Preparación del sustrato 15
p>1 Tipo y propiedades del sustrato 15
2. Método de modificación de la superficie del sustrato de vidrio 17
Preparación de la tercera sonda en forma de nodo 18
1. Sonda de ADNc 19
2. Sonda de ADN genómico 19
3. Sonda oligonucleotídica 19
4. ¿PM única? Diseño de sonda milimétrica 20
Sección 4 Muestreo de chips genéticos 22
1 Instrumento de muestreo de chips y método de muestreo 22
2. Postprocesamiento del muestreo 27
3. Estándares de calidad de chips genéticos 28
Sección 5 Síntesis in situ y nanoestructura de chips genéticos
Preparación 28
p>1. Preparación del chip genético 28 mediante el método de síntesis in situ
2. Preparación del chip genético de nanoestructura 31
Sección 6 Método de detección del chip genético del perfil de expresión 34
I. Selección, procesamiento y aislamiento de ARN de muestras 35
Segundo, etiquetado de muestras de ARNm 35
Tres. Hibridación de chips 38
Referencias 39
Capítulo 3 Estadísticas básicas 41
Sección 1 Conceptos básicos de estadística 41
1, población y muestra 41
II. Descripción estadística de los datos 42
3. Variables aleatorias, probabilidad y distribución 43
IV. Datos estadísticos 45
Sección 2 Prueba de hipótesis 46
1 Principios básicos de la prueba de hipótesis 46
2 Pasos de la prueba de hipótesis 47
< p. >Tres. Métodos básicos de prueba de hipótesis 47Sección 3 Análisis de diferencias 54
I. Análisis de varianza de datos de diseño completamente aleatorizado 54
Análisis de datos de diseño de bloques aleatorios varianza 55
3. Dispositivo de comparación múltiple entre múltiples muestras 57
Sección 4 Introducción al análisis de conglomerados y al análisis discriminante 57
1. >
2. Análisis discriminante 59
Referencia 61
Capítulo 4 Diseño experimental 62
Sección 1 Modo de comparación de muestras 62
1. Clasificación de experimentos con chips genéticos 62
2. Descripción general del esquema de comparación de muestras 64
3. Selección del modo de coincidencia de muestras 66
Sección 2 Repetición y fusión de muestras 69
1. Fuentes de errores experimentales y uso de muestras repetidas 69
2. el número de muestras repetidas 70
Tres. Ejemplo de fusión 70
Sección 3 Descripción general 72
Referencias 72
Capítulo 5 Recopilación y procesamiento de imágenes de chips genéticos 74
Sección 1 Gen adquisición de imágenes de chip 74
1. Escáner de enfoque láser * * * 74
2. Escáner CCD 78
3. Especificaciones técnicas del escáner 79
Sección 2 Procesamiento de imágenes del chip genético 81
1 Identificación 83
2.
Artículo 84
Tres. Extracción de información 87
IV. Evaluación de calidad
Sección 3 Algunos escáneres de chips y procesamiento de imágenes de chips
Introducción al software 88
1. Láser * * * Focus Scanner 90
2. Escáner láser sin enfoque 91
3. Detector de chip genético CCD 92
Referencia 96
Capítulo 6 Preprocesamiento y normalización de datos 98
Sección 1 Preprocesamiento de datos 98
1. Corrección de fondo 98
2 Procesamiento de señales débiles 99
Tres. Transformación logarítmica de datos 101
IV. Fusión de datos duplicados 102
Procesamiento de datos faltantes del verbo (abreviatura de verbo) 103
Sección 2 Normalización de datos 104
1 Normalización de datos del chip de ADNc. 105
2. Normalización de los datos del chip Affymix 115
Referencia 118
Capítulo 7 Análisis de genes expresados diferencialmente 120
Sección 1 Detección de genes expresados diferencialmente 120
1. Métodos múltiples 120
2. Método de puntuación Z 121
3. Métodos de discriminación para experimentos repetidos 121
Cuatro. Otros métodos 124
Resumen de verbos (abreviatura de verbo) 125
Parte 2: Estudio sobre la importancia de los genes expresados diferencialmente 126
1. investigación 126
2. Papel en la investigación de medicamentos 127
3. Papel en la investigación médica básica 129
Referencia 131
Capítulo 8 Análisis de confiabilidad de datos de chips 133
Sección 1 Evaluación de datos 133
1. Fiabilidad de genes expresados diferencialmente133
2. Evaluación de la repetibilidad de los datos del chip139
Sección 2 Análisis de fuentes de error142
1. >
2. El error del sistema experimental es 144.
Sección 3 Sistema de control de calidad del chip genético 149
1 Sistema de control de calidad del chip genético de muestreo directo 149
En segundo lugar, control de calidad del chip de oligonucleótidos Affymetrix
Evaluación de la calidad del sistema y del producto 151
Sección 4 Tecnología de amplificación lineal de señal y su evaluación 154
1. Tecnología de amplificación lineal de señal 154
2. evaluación del método de amplificación de señal 154
Referencia 161
Capítulo 9 Análisis y visualización de conglomerados 162
Primera medición de la similitud (o distancia) de los nodos 162
1. Distancia euclidiana 162
2. Distancia de Mahalanobis 163
3, distancia de Chebyshev 164
Cuatro. Distancia de Mahalanobis 164
5. Distancia de Minkowski 164
El producto escalar promedio de los verbos intransitivos es 164
Siete. Ángulo entre vectores 165
8. Covarianza 165
9. Distancia de correlación de Pearson 165
x correlación de rango de Spearman 166
XI. Información mutua 166
¿Doce, Kendall? s Tao 167
Sección 2 Algoritmo de agrupación 167
1 Agrupación del sistema 168
2. Agrupación de segmentación 172
Sección 3 Agrupación 2D. 177
1. Agrupación 2D acoplada 177
2. Agrupación 177
Sección 4 Componentes principales, descomposición de valores singulares y poda de genes 178
1. Componentes principales 178
2. Descomposición en valores singulares 178
3.
Poda de genes 179
Referencia 179
Capítulo 10 Métodos de clasificación en experimentos de microarrays 181
Sección 1 Descripción general 182
1. Uso de la expresión genética Datos de perfil para la clasificación de muestras biológicas 183
2. Antecedentes de la clasificación 183
3. Datos del perfil de expresión genética 184
Sección 2 Descripción general de los diferentes métodos de clasificación 184
1. Teoría de clasificación y decisión estadística 184
2 Análisis discriminante lineal de Fisher 186<. /p>
3. Análisis discriminante lineal y análisis discriminante cuadrático 186
4. Extensión del análisis discriminante lineal 188
5. Clasificador de vecino más cercano 188
6. Árbol de decisión 190
7. Clasificación de redes neuronales BP 194
8. Máquina de vectores de soporte 197
9. >
Sección 3 Cuestiones generales en la clasificación 205
1. Selección de características 205
2. Funciones de normalización y distancia 206
III. Los valores faltantes se completan 207
Cuatro. Problema de clasificación múltiple 208
Sección 4 Evaluación del desempeño 209
1. Desviación, varianza y tasa de error 209
En segundo lugar, restablezca la valoración a 210.
3. Método de validación cruzada múltiple 210
4. Probablemente no usar cinturón de seguridad: 210
Sección 5 Análisis de casos 211
1. Datos del perfil de expresión genética 211
2 Preprocesamiento de datos 212
.3. Aplicación de software Support Vector Machine 213
Referencia 216
Capítulo 11 Estandarización de la tecnología de microarrays 218
Sección 1 Reglas MIAME 218
1. El contenido específico de la Norma MIAME 219
2. Modelo MIAME 221
III. El presente y el futuro de MIAME 222
Sección 2 Sistema de chip Affimetrix y MIAME
Artículo 223
Primero, siga las Reglas MIAME 224
Dos. Tabla MIAME para experimentos de Affimetrix 225
3. Extracción y limpieza de ARN de Affimetrix,
Especificaciones de marcado e hibridación 225
Referencia 227
Capítulo 12 Anotación genética y análisis de datos de chips genéticos
Análisis funcional 228
Sección 1 Anotación de un solo gen 228
Comentarios generales 228
Dos. Información sobre enfermedades 233
III. Información sobre la familia de proteínas 234
Sección 2 Análisis de la regulación de los factores de transcripción 235
1. Base de datos Transfac 236
2. p>
Sección 3 Genes en la base de datos de ontología de genes
Análisis de clasificación funcional 240
I. Base de datos de ontología de genes 240
II. 241
Sección 4 Vías biológicas e interacciones biológicas
Análisis 243
1. Análisis genético en rutas biológicas 244
2. en Biological Networks 249
3. Los datos del chip genético los define el usuario.
Análisis del genoma 250
Referencia 251
Capítulo 13 Biología de sistemas y regulación genética
Red 252
Sección 1 Introducción a la biología de sistemas 252
Sección 2 Composición de la red reguladora de la transcripción genética 253
1 Introducción al proceso de transcripción genética 253
Segundo, experimentos para estudiar la transcripción. factores y sus genes reguladores
Método 254
III.
Redes y gráficos de regulación genética 254
La tercera parte utiliza el modelo del gráfico gaussiano para deducir la regulación genética.
Red 257
Sección 4 Modelo de red bayesiano en chips genéticos
Aplicación en datos 259
Introducción bayesiana a las redes 259
2. Aprendizaje de redes bayesianas 261
En tercer lugar, la aplicación de métodos de redes bayesianas en datos de chips genéticos
262
La sección 5 infiere la regulación genética a partir de datos de series de tiempo.
Red 266
I. "Modelo de eventos" 266 del modelo de red reguladora de genes
En segundo lugar, sobre la "dinámica" de la red reguladora de genes
Modelo probabilístico” 268
Sección 6 Inferir regulación genética a través de interferencia genética.
Método de ingeniería antisentido para redes 270
Sección 7 Conclusión 271
Documento de referencia 272
Capítulo 14 Aplicación de la tecnología de chips genéticos:
Del cribado genético al diagnóstico clínico 274
Sección 1 Investigación y análisis de perfiles de expresión genética Oncología clínica 274
Primero, determine el subtipo de tumor 275
En segundo lugar, identifique el origen tisular del tumor 276
Tres análisis de pronóstico 276
.IV. Problemas existentes
Sección 2 Chips de microarrays y polimorfismos genéticos 278
1. Polimorfismos de un solo nucleótido Introducción al sexo 278
2. susceptibilidad a enfermedades 279
3. Aplicación de polimorfismos genéticos como marcadores genéticos 279
4 Genes Polimorfismo y medicina personalizada 280 páginas
Verbo (abreviatura de verbo) Gen Tecnología de detección de polimorfismo y chip genético 281
Sección 3 Microarrays y cambios en el número de copias de genes 282
1 cDNA Array CGH283
Segundo, Genome Array CGH283
Sección 4 Microarrays y Enfermedades Infecciosas 284
1. Identificación y clasificación de microorganismos 285
II. Investigación sobre resistencia a medicamentos 286
III. sobre patogénesis 287
Sección 5 Otras aplicaciones de los chips Micromatrix 288
I. Chip de microarrays y análisis de metilación del ADN 288
II.
Outlook 291
Referencias 292
Capítulo 15 Introducción al software de análisis de datos principal 295
Sección 1 Software de análisis en tecnología de chips genéticos
Estado 295
Sección 2 Software principal de procesamiento de imágenes y datos 296
1. Software de análisis de imágenes de chip genético
GenePix Pro296
2. Sistema Affymetrix GCOS 297
3. Programa de vista de árbol y clúster 298
Cuarto, GeneSpring300
Verbo (abreviatura de verbo) Decisión SpotFire Suite 300
6. SAM y PAM302
7. Plataforma r y Bioconductor 303
8. Caja de herramientas de bioinformática MATLAB 304
Parte 3. Base de datos de perfiles de expresión genética 304
En primer lugar, ¿NCBI? Biblioteca especial de datos de expresión genética completa
(geográfica) 304
2 EBI ArrayExpress y SMD307
3.
Establecimiento y gestión de la base de datos de microarrays 307
Sección 4 Acceso a la base de datos de anotaciones genéticas 308
1. Dispositivo de exploración del genoma de la Universidad de Stanford 309.
3. Cliente mySQL 310
Referencia 311
Capítulo 16 Outlook 312
Genoma después del primer festival de cine Tendencias de investigación
Biología 312
1. El inicio de la biología de sistemas 312
2. La tendencia de desarrollo de la biología de sistemas 313
Sección 2: Investigación de aplicaciones y desarrollo del genoma
Medicina genómica de tendencia 314
Sección 3: Tecnología de chips genéticos en biología de sistemas y
Estado actual de la medicina genómica 316
1. Chips genéticos y minería de datos en investigación básica
Estado de 316
2. Aplicación de la tecnología de chips genéticos en moléculas de medicina genómica
Tendencia de aplicación de diagnóstico. 316
Referencia 318