Principio del método de terminación de cadena didesoxi

Cuando la plantilla de ácido nucleico se copia o transcribe en presencia de ácido nucleico polimerasa, cebadores y cuatro desoxinucleótidos individuales, si los cuatro didesoxinucleótidos se introducen en los cuatro tubos en proporción en el En el sistema de reacción, siempre que se incorpore didesoxinucleótido al extremo de la cadena, la cadena dejará de extenderse y el fragmento con un solo desoxinucleótido incorporado al extremo de la cadena podrá continuar extendiéndose. De esta forma, en cada sistema de reacción se sintetizan una serie de fragmentos de ácido nucleico de diferentes longitudes, con el mismo cebador en el extremo 5' y un didesoxi nucleótido en el extremo 3'.

Una vez finalizada la reacción, se realiza la electroforesis en cuatro carriles. Para separar fragmentos de ácido nucleico de diferentes longitudes (los adyacentes separados por un solo nucleótido), las secuencias de nucleótidos de los fragmentos sintetizados se pueden leer secuencialmente basándose en los didesoxinucleótidos en el extremo 3' de los fragmentos.