La Universidad de Nanjing está dividida en 19 universidades.

La Universidad de Nanjing, anteriormente conocida como Universidad Nacional Central, una vez superó a la Universidad Imperial de Tokio (ahora Universidad de Tokio) y ocupó el primer lugar en Asia. El 8 de agosto de 1949, la Universidad Nacional Central pasó a llamarse oficialmente Universidad Nacional de Nanjing y al año siguiente pasó a llamarse Universidad de Nanjing.

En 1952, la Universidad de Nanjing, que en ese momento había cambiado de nombre, se dividió en más de una docena de universidades. El departamento de artes y ciencias liberales más importante es ahora la Universidad de Nanjing. Otros departamentos que se dividieron y reubicaron han establecido portales separados, incluidas varias universidades prestigiosas.

Algunos departamentos de la Escuela de Ingeniería de la Universidad de Nanjing se convirtieron en el Instituto de Tecnología de Nanjing y más tarde en la Universidad del Sureste. El Departamento de Recursos Hídricos de la Facultad de Ingeniería se convirtió en la Universidad Hohai; el Departamento de Ingeniería Química de la Facultad de Ingeniería fue el predecesor de la Universidad Tecnológica de Nanjing; la Facultad Normal se convirtió en la Universidad Normal de Nanjing; la Facultad de Agricultura se convirtió en la Universidad Agrícola de Nanjing; el Departamento de Silvicultura de la Facultad de Agricultura se convirtió en Universidad de Ingeniería Meteorológica de Nanjing. El departamento pasó a llamarse Universidad de Ciencia y Tecnología de la Información de Nanjing;

Los departamentos que se mudaron incluyen los siguientes: la Escuela de Negocios se convirtió en la Universidad de Finanzas y Economía de Shanghai; el Departamento de Aviación de la Facultad de Ingeniería se convirtió en la Universidad Politécnica del Noroeste; la Facultad de Medicina se convirtió en la Cuarta Universidad Médica Militar; El Departamento de Ingeniería Alimentaria de la Facultad de Ingeniería se convirtió en la Universidad de Jiangnan; el Departamento de Maquinaria Agrícola de la Facultad de Ingeniería se convirtió en la Universidad de Jiangsu; la Facultad de Derecho se convirtió en la Universidad de Ciencias Políticas y Derecho del Este de China; el Departamento de Psicología se convirtió en el Instituto de Psicología de la Academia China; de Ciencias; el Departamento de Audiovisuales se convirtió en la Academia de Cine de Beijing; la Facultad de Medicina de la Universidad Central se convirtió en la Facultad de Medicina de la Universidad de Fudan y el Departamento de Ingeniería Electrónica del Instituto de Tecnología. La sección de cable se convirtió en la Universidad de Ciencia y Tecnología Electrónica de China; ; el Conservatorio Nacional de Música pasó a ser el Conservatorio Central de Música.