sin importar y sin embargo

La diferencia es muy simple.

1 no importa + pronombre interrogativo/adverbio interrogativo + sujeto + predicado verbo (+ otros componentes)

No importa lo que quieras hazlo, te apoyaré.

No importa la edad que tengas, puedes seguir aprendiendo.

2 aunque + oración (cláusula), + oración (cláusula principal)

Aunque hoy está muy ocupado, vendrá a jugar al fútbol con nosotros.

Haré el trabajo por ti aunque no estoy del todo dispuesto a hacerlo.

Debería perdonarse a sí misma _NO IMPORTA___ lo horrible que pensó que había sido

== AUNQUE pensó que había sido muy horrible, debería perdonarse a sí misma.

== Ella debería perdonarse AUNQUE pensaba que había sido muy horrible.