Eclipse no guardó la historia local. ¿Qué está pasando? Hay una pista en funcionamiento: el historial local del recurso no se elimina.
¿Estás "recuperando" archivos eliminados?
La restauración desde el historial local se utiliza para buscar eliminaciones en lugar de recuperar versiones anteriores. Si desea recuperar una versión antes de modificarla, compárela con el historial o reemplácela desde el historial. Además, de forma predeterminada, si este archivo ya está en la gestión de versiones como CVS/SVN/GIT y se ha enviado al servidor, se eliminará el historial de modificaciones local (porque podemos recuperarlo de CVS).