Me alegra que hayas venido en su lugar.

De la frase Me alegro que hayas tomado su lugar se puede inferir que has estado aquí en el pasado.

Si estoy feliz de que hayas venido en lugar de él, solo significa que el hablante no tiene emociones sobre tu comportamiento, o que la relación entre los dos es normal, ¡entonces no estoy tan feliz!

Por el contrario, si añades have, está en tiempo perfecto, enfatizando el impacto de you come en el presente. Así que tengo mucha suerte. Se puede entender que pensé que no irías, pero no esperaba que fueras de todos modos. ¡Ja, estoy tan feliz!