siempre y cuando sean cuales sean las diferencias regionales

De hecho, depende de cómo lo uses. En términos generales, aparece en una cláusula sustantiva.

Siempre significa que no importa cuándo.

Sin embargo, significa. no importa cómo;

lo que sea significa no importa qué.

Pero si se utiliza esta última oración, no puede ser una oración completa y debe separarse.