¿Qué está haciendo?
¿Qué está haciendo? Soy la primera persona. Eres la segunda persona que dice que sí. Él/ella/ello son todos pronombres de tercera persona y todos usan es.
Entonces:
¿Qué estoy haciendo?
¿Qué estás haciendo?
¿Qué está haciendo él/ella/eso?
Además, todos los animales no humanos, objetos, etc. también lo utilizan.
Pero si la tercera persona no es plural, como ellos, ellas o un grupo de animales, se utiliza are.
Entonces:
¿Qué están haciendo?
¿Qué están haciendo esos chicos?
¿Qué están haciendo estos perros?