¿Cuál es la diferencia entre el formato mp4 (para Apple iPhone) y el formato mp4 normal?

El formato es sólo un caparazón. Principalmente es la codificación la que afecta este problema. Las capacidades de decodificación del iPhone son muy pobres, por lo que sólo puede utilizar codificaciones específicas. Por supuesto, será diferente si instalas aplicaciones de terceros después del jailbreak. Existen varios métodos de codificación para MP4, incluidos H256, DivX y XVID. Si el otro teléfono al que te refieres admite más códecs, por supuesto que se puede reproducir.